Les syndicats affiliés à la Fédération des syndicats de l’action collective (FSAC-CSQ) sont autonomes et tiennent leurs propres instances. À la Fédération, le conseil fédéral qui est composé de l’ensemble des syndicats affiliés doit se réunir au moins une fois l’an, mais il le fait généralement à deux reprises depuis un bon nombre d’années. Le conseil fédéral décide démocratiquement des orientations de la Fédération. Il entérine les différentes politiques, notamment les orientations, et toute autre décision nécessaire au bon fonctionnement de l’organisation pour l’atteinte de sa mission.

Le Congrès général est l’instance suprême de l’organisation et il a lieu tous les trois ans. Les syndicats affiliés y prennent part et déterminent qui sera élu pour les représenter. Le Congrès est aussi le moment de voter le plan d’action triennal.